《口袋妖怪：漆黑的魅影6.0》也可以说是神兽版，本版本有两个个版本。分别是「新奥3主宠版」和「伊宿3主宠版」。两个版本的唯一区别就是初始的精灵不同，且在对应的版本里无法获得另一版本的主宠。这个也是由于空位有限而无法同时加入这两个地区的初始精灵，所以分为这两个版本，玩家可以根据自己的喜好选择版本。新的芳缘地区，新的敌人熔岩团和水舰团，新的人物，新的故事，新的神兽，新的双主角。新增加了2V2的战斗，增加了选美比赛和秘密基地。
更新内容
1、追加了跳过通关动画的选项。
2、利用了原本游戏中空闲的25个空位，使得精灵的数量从386增加到了411，并更新了一些精灵为DP或BW的新宠。
3、单机411化。
4、全部的神兽剧情捕捉。
5、技能的物攻特攻判定重新划分，加入了DP和BW中的一些技能。
6、增强了重要训练师的PM及其配招。
7、追加了反转世界的地图。
8、追加了梦世界的地图!
9、加入小智、渡、希罗娜和N的对战：通关后开启，可与小智、渡、希罗娜和N随时进行对战。
10、追加了通关后与前冠军大吾和副主角丛树/小遥的再次战斗。
11、追加了全部家具、树果、技能机器、进化石以及其他一些重要道具。
